• DIPLOMSKI STUDIJ MOLEKULARNA BIOLOGIJA


  •   
  • FileName: Diplomski studij MB.pdf [read-online]
    • Abstract: DIPLOMSKI STUDIJ MOLEKULARNA BIOLOGIJAOBAVEZNI KOLEGIJI44403 GENETIČKO INŽENJERSTVO U BIOTEHNOLOGIJI 0+0+0 2+2+0NASTAVNI SADRŽAJI: Restrikcijsko-modifikacijski sustav. Restrikcijske endonukleaze, nazivlje, način djelovanja,

Download the ebook

DIPLOMSKI STUDIJ MOLEKULARNA BIOLOGIJA
OBAVEZNI KOLEGIJI
44403 GENETIČKO INŽENJERSTVO U BIOTEHNOLOGIJI 0+0+0 2+2+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Restrikcijsko-modifikacijski sustav. Restrikcijske endonukleaze, nazivlje, način djelovanja,
restrikcijska karta DNA i način konstrukcije, ostali enzimi koji se koriste u genetičkom inženjerstvu. Molekule (vektori) za
ugradnju i prijenos strane DNA: plazmidi, virusni vektori, kozmidi, BACs, YACs, shuttle vectori. Nacini ugradnje strane DNA u
vektore za kloniranje: kloniranje pomocu restrikcijskih enzima, TA i TOPO TA kloniranje, Gateway kloniranje. Biblioteke gena;
vrste, kako ih konstruirati i umnoziti. Metode otkrivanja rekombinantne molekule u populaciji – npr. biblioteci gena (genetičke,
hibridizacijske, imunološke). Analiza gena (fragmenta DNA) od interesa: dobivanje cDNA od mRNA, analysa ekspresije gena od
interesa - Northern blotting/RNase protection assay/in situ hibridizacija/RT-PCR/real time PCR/microarray. Ekspresija
rekombinantnih proteina: izbor vectora i domacina (bakterije, kvaci, biljne stanice, stanice kukaca, stanice sisavaca), izolacija
proteina (afinitetna kromatografija...), detekcija proteina (SDS-PAGE, western bloting, ELISA). Analiza interakcija medu
proteinima – GST pull-down, imunoprecipitacija, sistem dva hibrida u kvasca (Yest two hybrid system), TAP (tanden affinity
purification) sistem, kvascev sistem tri hibrida. Kako pripremiti transgenicne biljke – prirodni nacin prijenosa geneticke
informacije izmedu dva razlicita organizma pomocu bakterije Agrobacterium tumefaciens, prolazna (transient) transformacija
biljnih stanica pomocu microprojektila, transformacija biljnih stanica (protoplasta) pomocu PEGa. Geneticki modelni organizmi u
biologiji. Kvasci kao modelni organizmi (S. cerevisae i Szc. pombe). Caenorhabditis elegans. Transgenicni misevi – kako ih
pripremiti. Arabidopsis thaliana
KOLEGIJI PRETHODNICI: Za studente koji nisu zavrsili pred-diplomski studij molekularne biologije: Biologija stanice,
Genetika, Molekularna genetika, Biokemija I i II.
UVJETI ZA POTPIS: Odradeni praktikum
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Predavanja koja su dostupna u PDF formatu na Web stranicama PMFa.
METODE ISTRAŽIVANJA U MOLEKULARNOJ
44404 2+3+2 0+0+0
BIOLOGIJI
NASTAVNI SADRŽAJI: Stjecanje vještina i rutine rada u laboratoriju za molekularnu biologiju. Predavanja daju sažetu
teorijsku osnovu i uvod u praktičan rad. Težište kolegija je na praktičnom radu. Studenti će naučiti planirati rad u laboratoriju;
sami će izvoditi planirane eksperimente; komentirati će dobivene rezultate; u obliku seminara osmisliti će daljnja istraživanja
korištenjem metoda koje su izvodili na praktikumu i prezentirati dobivene rezultate i/ili naučene metode. Voditelji će ovisno o
znanstvenim istraživanjima i korištenim metodama u laboratoriju, prilagođavati plan vježbi u svrhu korištenja novih metoda.
Predviđene su 3 vježbe, dvije su zamišljene kao projektni zadatak gdje se studenti upoznaju s problematikom, predlažu i
obrazlažu metode kojima će se koristiti u izradi vježbe, te sami izvode praktični dio vježbe, od pripreme do obrade rezultata, uz
stručnu pomoć i prisutnost voditelja, dok je treća vježba zamišljena i izvodi se u laboratoriju vanjskih suradnika. Vježbe se
izvode u malim grupama (8 studenata), dio vježbe studenti izvode zajedno, a dio svaki student samostalno, te su ujedno
zamišljene kao kompetitivne među studentima iste grupe i među grupama. Primjeri vježbi voditelja npr 1: priprema PCR
produkta, kloniranje, transformacija, PCR, izolacija plazmida, sekvenciranje; 2: umnožavanje i izolacija plazmida, priprema
stanica u kulturi, transfekcija vektorom, fluorescencija GFP (priprema preparata i mikroskopiranje)). Primjeri vježbe vanjskih
suradnika: molekularne metode u forenzici, molekularna dijagnostika (protočna citometrija i RT-PCR), analiza slijeda DNA,
dijagnostičko praćenje KML bolesnika, i sl.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Određeni Pravilnikom o studiranju.
UVJETI ZA POTPIS: Uredno pohađanje nastave (predavanja, vježbe, seminari).
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Ocjena praktikuma (pisana prezentacija zadataka i seminara; aktivno (usmeno) sudjelovanje
u raspravama prilikom eksperimentalnog rada, ocjena rada u laboratoriju). Ocjena praktikuma i pismeni test znanja daju
konačnu ocjenu.
OBAVEZNA LITERATURA: Novi znanstveni radovi ovisno o metodama koja će se koristiti i upute proizvođača za sve
reagense koji će se koristiti.
Ambriović Ristov A. Metode u molekularnoj biologiji, Institut Ruđer Bošković 2007.
44402 METODOLOGIJA ZNANSTVENO-ISTRAŽIVAČKOG RADA 1+1+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Što je znanost? Definicija i karakteristika znanosti. Pojam područja, polja i disciplina, kategorije
istraživanja i eksperimentalnog rada. Izbor i prikaz znanstvenog rada. Pregled i prikaz literaturnih podataka (znanstvene
informacije). Kako se citira literatura i priređuje poglavlje «Citirana literatura» (References). Upoznavanje organizacije i
korištenja Nacionalne i Sveučilišne knjižnice (Baze podataka on-line, SCI, BIOSIS, CC). Znanstvene metode i principi
istraživanja. Klasifikacija i uzorkovanje; mjerenje, planiranje pokusa, randomizacija. Izvedba pokusa. Kako treba voditi
laboratorijski dnevnik. Pisanje izvornoga znanstvenog članka (Naslov, uvod, sažetak/Abstract). Pisanje izvornoga znanstvenog
članka (Materijal i metode, Rezultati, Rasprava, Zaključci). Prilozi u članku: tablice i slike (grafikoni, histogrami, fotografije).
Priprema rukopisa, dopisivanje s uredništvom. Izlaganje na znanstvenim skupovima (usmeno izlaganje, plakatno
predstavljanje). Što treba znati o pisanju diplomskoga ( magistarskoga) rada i doktorske disertacije.
KOLEGIJI PRETHODNICI:
UVJETI ZA POTPIS: Pohađanje predavanja
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: V. Silobrčić. kako sastaviti, objaviti i ocijeniti znanstveno djelo. Medicinska naklada , Zagreb,
1994. Đ. Težak: pretraživanje informacija na Internetu. Hrvatska sveuč. naklada, Zagreb, 2002 ( www.chem.pmf.hr/preinin) S.
Jelaska: Interna skripta.
44401 MOLEKULARNA BIOLOGIJA STANICE 3+3+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Uvod – osnovne funkcije i struktura stanice.Intracelularni odjeljci i proteinsko sortiranje; funkcije
endoplazmatske mrežice i uloga pojedinih proteina u transportu i razvrstavanju molekula, procesi u Golgijevom aparatu,
endocitoza i egzocitoza, transport između jezgre i citosola, transport proteina u mitohondrije i kloroplaste, transport u
peroksisome.Prijenos signala u stanici: površinski i intracelularni receptori i njihova aktivacija, prijenos signala G proteinima,
fosfatidil inozitol, aktivacija protein kinaze C i sekundarni glasnici, uloga kalcija, putevi protein kinaze A, MAP kinaze, putevi
preživljenja, nereceptorske tirozinske kinaze, aktivacija pojedinih transkripcijskih faktora.Stanična površina, izvanstanični matriks
i međustanične interakcije. Integrini i kadherini i njihova povezanost sa signalnim putevima.Regulacija staničnog ciklusa, uloga
ciklina i kinaza ovisnih o ciklinima, kontrolne točke ciklusa, tumorski supresorski proteini, regulacija događaja u mitozi. Struktura
i organizacija aktinskih filamenata i njihova povezanost sa staničnom membranom, struktura intermedijarnih filamentata i njihova
organizacija u stanici, struktura i uloga mikrotubula, molekularni «motori» u mitozi i radu bičeva i treplji.Tumorigeneza i
imortalizacija, osnovne osobine tumorskih stanica i procesi u tumorskim stanicama. Virusi u procesu tumorigeneze.Starenje i
struktura telomera. Apoptoza. Diferencijacija i osobine matičnih stanica. Biologija specifičnih tipova stanica.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Nema
UVJETI ZA POTPIS: Pohađanje predavanja, izvedba vježbi i zadataka, izrada seminarskog rada.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni test i usmeni ispit.
OBAVEZNA LITERATURA: Alberts, B., Bray, D., Lewis, J. Raff, M., Roberts, K., Watson, J.D. (2002):.Molecular biology of
the Cell, Garland Publ. Inc., New York, London, IV. izd.,
Cooper, G. M. Hausman R. E.(2002): Stanica - molekularni pristup. Medicinska naklada Zagreb.
44400 MUTAGENEZA I KARCINOGENEZA 2+2+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Nomenklatura mutacija. Priroda i mehanizam promjena staničnih makromolekula. Oštećenja
molekule DNA i njihov popravak. Zamjena baza i njihove fenotipske posljedice. Točkaste mutacije, delecije, insercije, duplikacije
i inverzije kao posljedice fizikalnih, kemijskih i bioloških mutagena. Zastupljenost i način djelovanja najvažnijih mutagena i
karcinogena. Onkogeni, tumor supresor geni, geni DNA popravka. Genetske promjene kod kromosomskih translokacija i razvoj
leukemija. Aktivacija onkogena i progresija tumora. Slijed genetskih promjena kod tumora. Amplifikacija gena i biološke
posljedice. Ekspresija gena u transformiranim stanicama. Kontrola staničnog ciklusa i promjene u transformiranim stanicama.
Apoptoza i prijenos smrtonosnih signala u stanici. Tumor virusi i njihova interakcije s staničnim kontrolnim mehanizmima.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Biokemija.
UVJETI ZA POTPIS: Uredno pohađanje predavanja i praktikuma.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni i usmeni ispit.
OBAVEZNA LITERATURA: Geoffrey M. Cooper (2000): The Cell: a Molecular Approach. ASM Press
Timothy M. Cox i John Sinclair (2001): Molekularna biologija u medicini. Medicinska knjiga
IZBORNI KOLEGIJI
60214 ALGORITMI I PROGRAMIRANJE U BIOLOGIJI 1+2+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Uvod u operacijske sustave. Osnovni koncepti programiranja. Programski jezik Perl. Pravilni izrazi.
Strukture podataka, hashes, arrays. Kontrolne strukture, petlje. Proceduralno i objektno programiranje. BioPerl. Korištenje
BioPerl modula u izradi programa. Relacijske baze podataka. MySQL
Izrada Web aplikacija
KOLEGIJI PRETHODNICI: Nema
UVJETI ZA POTPIS: Predane i ispravljene domaće zadaće, te predan i pozitivno ocijenjen sastavak na zadanu temu.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Kratkim testovima (15 minuta) na početku svakog drugog nastavnog dana (30%),
seminarskim radom na zadanu temu (20%), dvodijelnim završnim ispitom, Test A: provjera teorijskoj znanja – 1 sat (20%), Test
B: provjera praktičnog znanja i vještina – 2 sata (30%)
OBAVEZNA LITERATURA: Tisdall, J. (2001) Beginning Perl for Bioinformatics, O'Reily
Tisdall, J. (2003) Mastering Perl for Bioinformatics, O'Reily
Jagota, A. (2004) Perl for Bioinformatics, 2nd ed., Bioinformatics By The Bay Press
C. Gibas & P. Jambeck (2001) Developing Bioinformatics Computer Skills, O'Reily
44411 BILJNE BIOAKTIVNE TVARI 0+0+0 2+2+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Heterozidi: fenolski (salicin, arbutin), kardiotonični (digitoksigenin, gitoksigenin, gitaloksigenin)
saponinski (escin, ginsenozidi), flavonoidni (s posebnim osvrtom na kvercetin-njegov utjecaj na stanični ciklus, sintezu hsp
proteina, proliferaciju tumorskih stanica, apoptozu tumorskih stanica, antioksidativne učinke kao i sinergističke učinke s nekim
citostaticima, te na interakcije kvercetina s DNA, RNA i nekim enzimima u stanici), antrakinonski (frangulin , emodin) kumarinski
(jednostavni nesubstituirani i kondenzirani); Alkaloidi (hašiš, opijum, alkaloidi velebilja); Tvari biogenog porijekla u terapiji tumora
(alkaloidi roda Vinca, kvercetin, propoplis); Imunostimulatori (ekstrakti biljke Echinacea purpurea) i imunosupresivi (estrakti biljke
Glyzyrrhiza glabra) biogenog porijekla; Za svaku navedenu skupinu bioaktivnih tvari iznosi se pregled njihova kemizma, njihovi
biološki učinci u uvjetima „in vitro“ i „in vivo“ te eventalne opasnosti pri njihovoj primjerni u terapiji. Naglasak je postavljen na
molekularnemehanizme djelovanja spomenutih tvari.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Organska kemija, Osnove biokemije
UVJETI ZA POTPIS: Redovito pohađanje predavanja i praktikuma
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Putem dvaju kolokvija iz sadržaja kolegija i kolokvija prije svakog praktikuma
OBAVEZNA LITERATURA: Pharmacognosy, Phytochemistry, Medical Plants, izd. Jean Bruneton, Lavoisier Publishing,
1995.
60220 BIOANORGANSKA KEMIJA 2+1+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Značaj i osnovni principi bioanorganske kemije. Odnos strukture i svojstva metaloproteina. Unos,
prijenos i skladištenje metala i nemetala u organizmima (metaloproteini i neproteini u ulozi prijenosa i skladištenja; tetrapirolni
ligandi, ionofori, siderofori, transferini, metalotioneini, feritin, hemoglobin, mioglobin, hemeritrin, hemocijanin). Biomineralizacija.
Kataliza hemoproteinima. Citokromi. Peroksidaze. Kobalt, nikal i bakar u biološkim sustavima (vitamin B12, ureaza, superoksid-
dismutaze, plastocijanin, azurin, askorbat-oksidaza, tirozinaza). Uloga cinka u organizmu (karboanhidraza, karboksipeptidaza,
endopeptidaze, alkalijska fosfataza, alkohol-dehidrogenaza, inzulin). Biološka uloga Mo, W, V Cr i Mn u metaloproteinima.
Zemnoalkalijski metalni ioni; kataliza i regulacija (enolaza, kalmodulin). Alkalijski i zemnoalkalijski kationi kao elektroliti. Toksični
metali i nemetali. Anorganski radionuklidi u dijagnostici i terapiji. Kemoterapija spojevima neesencijalnih elemenata.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Završen preddiplomski studij.
UVJETI ZA POTPIS: Riješiti pismene zadatke tijekom interaktivnog proučavanja strukture biomolekula pomoću računala,
CSDB i PDB baza podataka, Internet-a i WEB tehnologije
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni ispit i seminarski rad.
OBAVEZNA LITERATURA: W. Kaim, B. Schwederski: Bioinorganic Chemistry: Inorganic Elements in the Chemistry of
Life, Wiley, Chichester, 1994, ISBN 0-471-94369-x.
60207 BIOLOGIJA RNA 1+2+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: "RNA World Hypothesis". Struktura RNA i vaznost strukture i funkcije. Prepoznavanje RNA - RNA
vežući proteini – grupe i načini na koje proteini mogu prepoznati specifičnu RNA. Modifikacije i procesiranje mRNA: 1. mRNA
Capping i 2. pre-mRNA Splicing - cis elementi u pre-mRNA/snRNAs-snRNPs/RNA-RNA; interakcije/selekcija splicing mjesta/
definicija exona i introna; Proteini ukljuceni u pre-mRNA splicing – spliceosome; Alternativno izrezivanje introna i nacini
regulacije; Trans splicing. 3. Poliadenilacija mRNA – mehanizami, cis RNA elementi koji reguliraju poliadenilaciju i proteinski
faktori. RNA editing. mRNA transport iz jezge u citoplazmu. RNA stabilnost i degradacija, Nonsense mediated decay (NMD).
Veza izmedu transkripcije, pre-mRNA modificiranja, procesiranja, transporta i degradacije. Regulirana lokalizacija RNA.
Biogeneza ribosoma; rDNA transkripcija i procesiranje primarnog transkripta u rRNA, modifikacije rRNA, uloga snoRNAs-
snoRNPs, biogeneza snoRNAs i snoRNPs. Regulacija ekspresije gena pomocu RNAi, siRNAs, miRNAs i ncRNA. Riboswitches.
Uloga regulacije na nivou RNA u razviku organizma. RNA i patoloska stanja vezana uz greske u RNA metabolizmu. Osnovne
metode za analizu RNA
KOLEGIJI PRETHODNICI: Za studente koji nisu zavrsili pred-diplomski studij molekularne biologije: Biologija stanice,
Genetika, Molekularna genetika, Biokemija I i II.
UVJETI ZA POTPIS: Obavljeni seminar
NACIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Predavanja koja su dostupna u PDF formatu na Web stranicama PMFa.
The RNA World (1999) i RNA structure and function (1998); Cold Spring Harbor Laboratory Press .
44405 BIOINFORMATIKA 1+2+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Primjeri biološke informacije - mrežni resursi, literaturne baze podataka i pretraživanje literature,
baze sljedova (DNA, RNA, Proteini), specijalističke baze podataka, baze cijelih genoma. Sravnjenje sljedova (sequence
alignment) - lokalno i globalno, supstitucijske matrice, bodovanje sravnjenja, metoda dinamičkog programiranja. Pretraživanje
po sličnosti - heurističke metode, FastA i BLAST – brzo pretraživanje. Višestrkuko sravnjenje i osnove filogenetike - metode i
alati za višestruko sravnjenje. Prostorne strukture i modeliranje - metode predviđanja prostorne strukture. Osnove funkcijske
genomike - sekvenciranje DNA, predviđanje funkcije gena, enomska bioinformatika
KOLEGIJI PRETHODNICI: Nema
UVJETI ZA POTPIS: Predane i ispravljene domaće zadaće, te predan i pozitivno ocijenjen sastavak na zadanu temu.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Kratkim testovima (15 minuta) na početku svakog drugog nastavnog dana (30%),
seminarskim radom na zadanu temu (20%), dvodijelnim završnim ispitom, Test A: provjera teorijskoj znanja – 1 sat (20%), Test
B: provjera praktičnog znanja i vještina – 2 sata (30%)
OBAVEZNA LITERATURA: A.M. Campbell, L.J. Heyer (2002) Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics.
J.H.Wiley & Sons
N. C. Jones, P. A. Pevzner (2004) An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press
D.W. Mount (2004) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2ed. CSHL Press
Izvori na Internetu
63811 BIOLOŠKA ANTROPOLOGIJA 2+1+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Što je antropologija: interakcija biologije i kulture. Povijesni pregled spoznaja o biološkom
determinizmu. Biološke "revolucije" i njihove znanstvene posljedice. Uzroci ljudske varijabilnosti. Mikroevolucijska predmetnost.
Definiranje ljudskih populacija, genotip i frekvencije alela. Hardy-Weinbergov ekvilibrij, evolucijske snage, njihovo
međudjelovanje. Mikro i makroevolucija. Mikroevolucija i uzroci ljudske varijabilnosti. Utjecaji kulture na reprodukcijski odabir,
migraciju i tok gena. Malécot i model izolacije s udaljenošću. Antropogenetički modeli studija migracija. Adaptacija kroz kulturnu
evoluciju. Prirodna selekcija u ljudskim populacijama. Epidemiologijske analize diskretnih svojstava. Sociobiologija: principi i
primjene. Povijesni pregled studija ljudskih varijacija. "Rase" i "rasne kvalifikacije": biološki koncept. Temelji taksonomskih
analiza: od Adansona do elektroničkih računala. Osnove proučavanja evolucije čovjeka: povijesni pregled, mehanizmi
evolucijske promjene, metode klasifikacije, smještaj čovjeka unutar životinjskog svijeta. Počeci hominizacije: pojava
dvonožnosti, australopitecini i ostali rani hominidi, taksonomija hominina. Rod Homo: taksonomija i problemi u evoluciji roda
Homo, najvažnija nalazišta i nalazi, regionalne populacije srednjeg i kasnog pleistocena, neandertalci, evolucija morfološki
modernog čovjeka (Homo sapiens sapiens). Biologija čovjeka i kultura: životni ciklus; biologija rasta i razvoja, stupnjevi rasta.
Evolucija ljudskog rasta u različitim populacijama. Sekularni trend i akceleracija. Kultura kao sredstvo prilagodbe: najvažnije
značajke kulture, procesi promjene kulture. Biološki odjek kulturne promjene: prijelaz na proizvodnju hrane, društveno
raslojavanje. Osnove ljudske skeletne morfologije, identificiranje cjelovitih i fragmentiranih skeletnih elemenata, određivanje
spola i doživljene dobi. Metode analize ljudskih skeletnih ostataka, rekonstruiranje arheoloških populacija, osobito na temelju
prisutnih bolesti i prehrane. Epidemiologija i antropologija. Evolucija ljudskih bolesti. Urbanizacija i zdravlje čovjeka.
Uobličavanje ljudskih zajednica i kao posljedice različitih oboljenja. Demografija u antropologiji.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Molekularna genetika (samo za studente koji nisu završili preddiplomski studij molekularne
biologije)
UVJETI ZA POTPIS: Redovito pohađanje svih oblika nastave.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Studentima je umjesto završnog kolokvija omogućeno polaganje parcijalnih kolokvija tijekom
semestra. Ispit se odvija u dva dijela: pismeni dio ispita koji traje dva školska sata te nakon toga usmeni dio ispita.
OBAVEZNA LITERATURA: Relethford, J.: The Human Species - An Introduction to Biological Anthropology, Mayfield Publ.
Comp., California, 1997.
Rudan, P.: Populacijska biologija čovjeka (Uvod u antropologiju), fotokopije 12 dvosatnih predavanja, HAD - interno izdanje,
Zagreb, 2004.
http://anthro.palomar.edu/tutorials/physical.htm
Antropogeneza, Hrv. enciklop., vol. 1, 295, HLZ «M. Krleža», Zagreb,1999.
Antropologija, Hrv. enciklop., vol. 1, 295-296, HLZ «M. Krleža», Zagreb,1999.
Čovjek, Hrv. enciklop., vol. 2, 696-699, HLZ «M. Krleža», Zagreb,2000..
Janković, I., Karavanić, I. i Balen, J., 2005., Odiseja čovječanstva: razvoj čovjeka i materijalnih kultura starijeg kamenog doba.
Arheološki muzej u Zagrebu. Zagreb.
Janković, I., 2005., Evolucija: Brzina i način evolucijske promjene i razina (predmet) selekcije. Priroda 939:42-44.
Rajić Šikanjić, P., Janković, I. 2003. Metode određivanja spola na ljudskom skeletnom materijalu. Diadora 21: 241-252.
Trigger, B. 1989. A History of Archaeological Thought. Cambridge: Cambridge University Press (Chapter 8: Neo-evolutionism
and the New Archaeology)
60206 BIOMEMBRANE 1+2+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Pojavnost biomembrana: zašto nastaju i kako definirati njihov oblik. Fazni prijelazi u
biomembranama, Heterogenost i asimetrija u organizaciji gradbenih molekula. Liposomi. Transport kroz membranu.
Molekularna dinamika biomembrana
KOLEGIJI PRETHODNICI: Molekularna biofizika
UVJETI ZA POTPIS: Prijedlog zamišljenog znanstveno-istraživačkog projekta iz problematike kolegija
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Usmeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Časopis: Biochimica et Biophysica Acta – Biomembranes; Reviews of biomembrane Elsevier;
dostupan i preko Science Direct (inače dostupan na IRB)
74431 CITOSKELET I STANIČNA GIBANJA 2+0+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Opis gibanja čitavih stanica. Stanično plivanje: bakterije, flagelati, cilijati. Stanično puzanje: amebe,
praživotinje, stanice viših organizama. Citoskelet: molekulski temelj staničnih gibanja. Aktin: polimerizacija, proteini aktinskog
citoskeleta, interakcija s membranama. Motorni proteini miozini. Molekulski temelj mišićnog stezanja. Mikrotubuli: polarnost,
dinamika, vezujući i motorni proteini. Transport organela, uloga u mitozi, cilije, flagele. Intermedijarni filamenti. Vrste i red
veličine sila u svijetu stanica i makromolekula. Viskoelastičnost, termalne sile, difuzija. Uvod u mehaniku polimera. Strukturna i
mehanička svojstva niti citoskeleta. Vrste deformacija, čvrstoća. Sile polimerizacije i depolimerizacije. Motorni proteini: miozin,
dinein, kinezin. Mehanokemijski ciklus miozina. Jedinične sile i pomaci motornih proteina: metode mjerenja, procesivnost.
KOLEGIJI PRETHODNICI:
UVJETI ZA POTPIS: Seminar na teme aktualne u literaturi iz problematike kolegija.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Usmeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: B. Alberts i suradnici, Molecular Biology of the Cell, 4th edition, New York: Garland Publishing,
2002,
J. Howard, Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton, Sunderland MA: Sinauer Associates, 2001
D. Bray, Cell Movements, 2nd edition, New York: Garland Publishing, 2001
R. Phillips, J. Kondev, J. Theriot, Physical Biology of the Cell, New York: Garland Science Publishing, 2008.
63810 ELEKTRONSKA MIKROSKOPIJA 1+3+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Temeljni principi elektronske mikroskopije. Građa transmisijskog elektronskog mikroskopa (TEM).
Elektronski top, vrste katoda, elektromagnetske leće i sustav za postizanje vakuuma u TEM. Tipovi interakcija elektrona s
uzorkom. Priprema bioloških uzoraka za TEM (kemijska fiksacija i fiksacija smrzavanjem, dehidracija, uklapanje, rezanje).
Metode postizanja kontrasta u transmisijskoj elektronskoj mikroskopiji (pozitivno i negativno kontrastiranje, sjenčanje metalima).
Izrada replika i metoda lomljenja/jetkanja smrznutog materijala. Visokonaponska elektronska mikroskopija. Građa pretražnog
elektronskog mikroskopa (scanning electron microscope – SEM). Tipovi signala u SEM. Priprema bioloških uzoraka za SEM
(fiksacija, dehidracija, sušenje, nanošenje vodljivog sloja). Posebni tipovi SEM (low vacuum SEM, environmental SEM).
Temeljni principi mikroskopije atomskih sila i pretražne tunelirajuće mikroskopije. Primjena elektronske mikroskopije u biološkim
istraživanjima (imunocitokemija, enzimatska citokemija, autoradiografija). Analitičke metode u elektronskoj mikroskopiji
(rendgenska analiza, elektronska difrakcija, EELS). Kvantitativne metode i analiza slike u elektronskoj mikroskopiji.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Osnovno znanje iz stanične biologije
UVJETI ZA POTPIS: Redovito pohađanje predavanja i praktikuma
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Usmeni i pismeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Bozzola JJ, Russell LD 1992 Electron Microscopy. Principles and Techiques for Biologists. 2nd
Edition. Jones and Bartlett Publishers.
60204 EPIGENETIKA 1+2+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: UVODU U EPIGENETIKU: Povijesni razvoj epigenetike, Genetika versus Epigenetika, Modelni
sistemi u epigenetici, Uloga metilacije DNA, Uloga kromatina. HETEROKROMATIN I UTIŠAVANJE GENA: Efekt pozicije gena,
Transpozoni i gensko utišavanje. HETEROKROMATIN I SPARIVANJE KROMOSOMA/SEGREGACIJA: Heterokromatinska
mjesta sparivanja kromosoma, Gubitak očinskih kromosoma u vrste Nasonia, Uloga kromocentara u mejotskoj segregaciji
kromosoma, Utišavanje gena nesparenih kromosoma tijekom mejoze. MODIFIKACIJE HISTONA I KROMATINSKO
MODELIRANJE: Modifikacije histona, Histonski kod, Kromatinsko remodeliranje i kromatinski remodelirajući kompleksi.
HISTONSKE VARIJANTE I SPECIFIČNA ULOGA: CENP-A centromerni histon, H3.3 histon u aktivnom kromatinu, H2AX histon
uključen u popravak dvostrukog loma DNA, H2AZ histon i regulacija transkripcije. METILACIJA DNA U SISAVACA: Mehanizmi
stanične memorije, Uzorak DNA metilacije i regulacija ekspresije gena, DNA metilacija, mutacije i kromosomska stabilnost.
EPIGENETIKA I NASLJEĐIVANJE KROMOSOMA: Epigenetička regulacija replikacije i popravka DNA, Epigenetička regulacija
strukture i funkcije telomera i centromera. EPIGENETIČKA REGULACIJA X-KROMOSOMA: Regulacija X-kromosoma u
gametama, Regulacija utišavanja X-kromosoma pomoću histonskih modifikacija, Kompenzacija doze u sisavaca, Inicijacija
inaktivacije, propagacija i održavanje inaktivnog stanja X-kromosoma, Reaktivacija X-kromosoma i reprogramiranje.
GENOMSKI UTISAK U SISAVACA: Utisnuti geni i kontrola embriogeneze i razvoja organizma, Uloga genomskog utiska u
sisavaca, Uloga metilacije DNA u genomskom utisku, Utisnuti geni i male nekodirajuće RNA molekule. RNA INTERFERENCIJA
I PAKIRANJE KROMATINA: Utišavanje gena uz pomoć malih nekodirajuće RNA molekule, Mehanizmi RNA interferencije,
RNA-DNA prepoznavanje, RNAi i kromatinski remodelirajući enzimi. EPIGENETIČKA REGULACIJA U BILJAKA: Molekularne
komponente kromatina u biljaka, RNAi posredovano utišavanje gena u biljaka, Epigenetička regulacija bez posredstva RNAi u
biljaka. TRANSPLANTACIJA JEZGRE I REPROGRAMIRANJE GENOMA: Promjene povezane s jezgrinim reprogramiranjem,
Epigenetička memorija, Primjena transplantacije jezgre u medicini. EPIGENETIKA I LJUDSKE BOLESTI: Bolesti povezane s
poremećajem genomskog utiska, Utjecaj okoliša na epigenetiku, Važnost kromatinske strukture u razvoju raka, Hipermetilacija
promotora gena u stanicama raka, Epigenetičko utišavanje gena i rak, Detekcija raka uz pomoć DNA metilacije, Epigenetička
terapija.
KOLEGIJI PRETHODNICI:
UVJETI ZA POTPIS: Uredno pohađanje nastave, obavezno pohađanje praktikumske i seminarske nastave
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni i usmeni ispit, seminarski rad
OBAVEZNA LITERATURA: EPIGENETICS, C. D. Allis, T. Jenuwein. D. Reinberg Cold Spring Harbor Laboratory Press,
New York, 2007, ISBN-13:978-0-87969-724-2.
74433 EVOLUCIJA ČOVJEKA 2+0+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Osnovni pojmovi biološke evolucije,Evolucija primata,Okoliš i tempo hominizacije. Rodovi
Sahelanthropus i Orrorin, Rod Ardipithecus, Rod Australopithecus (I.), Rod Australopithecus (II.), Rod Homo, Homo
habilis,Homo erectus, Homo neanderthalensis, Homo sapiens (arhaični čovjek i čovječanstvo modernog tipa),Kolijevka
modernog čovječanstva- istočna ili južna Afrika? Migracije u evoluciji čovjeka, Pretpovijesne kulture, Suvremeno čovječanstvo,
Metode molekularne filogenije u evoluciji čovjeka
KOLEGIJI PRETHODNICI:
UVJETI ZA POTPIS: 80% pohađanje predavanja i seminara Pravovremena izrada seminarskog rada u okviru kolegija
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Seminari, kolokviji, pismeni ispit i usmeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Fiorenzo Facchini: Stazama evolucije čovječanstva, Kršćanska sadašnjost, Zagreb, 1996.
Roger Lewin: Human Evolution- An Illustrated Introduction, Blackwell Publishing Ltd, 2005.
FILOGENIJA I MOLEKULARNA SISTEMATIKA
60203 2+3+1 0+0+0
BILJAKA
NASTAVNI SADRŽAJI: Filogenija i molekularna sistematika biljaka – novi pristup stari problem . Najvažnije eksperimentalne
tehnike u biljnoj filogeniji i sistematici (RFLP, RAPD, AFLP, SSR, sekvenciranje kloroplastnih i jezgrenih DNA, citogenetske
metode). Genetska raznolikost i struktura populacija (mjerila genetska udaljenost, multivarijatne metode, AMOVA, Structure).
Filogenetske metode (Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesovski pristup). Računarni programi i baze podataka
(GeneMapper, TreeCon, Arlquin, Structure, Seqman, ClustalX, PAUP, MrBayes, Blast, Molecular Ecology Resources).
Molekularna sistematika biljaka (najnovije klasifikacije, Angiosperm Phylogenetic Group, DNA barcoding). Prikaz najznačajnih
svjetskih istraživanja. Prikaz vlastitih istraživanja i istraživanja suradnika.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Nema
UVJETI ZA POTPIS: Uredno pohađanje predavanja, seminara i vježbi
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Kolokvij iz vježbi, seminarski rad, dva pismena kolokvija i završni usmeni ispit.
OBAVEZNA LITERATURA: Liber i sur. 2009. Filogenija i molekularna sistrematika biljaka. Interna skripta
Nei and Kumar 2000. Molecular Evolution And Phylogenetics, Oxford University Press
Salemi and Vandamme 2003. The phylogenetic Handbook: A Practical Approach to DNA and Protein Phylogen,. Cambridge
University Press.
60212 GENOM ČOVJEKA 1+2+0 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: „Human genome project“. Geni u pedigreima. Organizacija ljudskog genoma. Genske obitelji.
Regulatorni sljedovi. Ponavljajući i drugi DNA sljedovi. Varijabilnost i nestabilnost genoma. Genetske bolesti i izabrani primjeri.
Animalni modeli za genetske bolesti. Genska terapija i etički aspekti. Evolucija genoma. Epigenetika.
KOLEGIJI PRETHODNICI:
UVJETI ZA POTPIS: Uredno pohađanje nastave.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni i usmeni ispit.
OBAVEZNA LITERATURA: Tom Stratchan and Andrew P. Read: Human Molecular Genetics. Bios Scientific Publishers.
44414 INSTRUMENTALNE ANALITIČKE METODE II 0+0+0 2+0+1
NASTAVNI SADRŽAJI: Masena spektrometrija: osnovni principi, ionski izvori, analizatori masa, identifikacija malih
molekula, identifikacija makromolekula. Kromatografija: osnovni principi, plinska kromatografija, tekućinska kromatografija,
fluidna kromatografija pri superkritičnim uvjetima, kromatografske kolone, detektori, GC-MS, LC-MS, primjena. Kapilarna
elektroforeza
Imunoanaliza: osnovni principi, imunoanalitičke metode – precipitacija, aglutinacija, inhibicija aglutinacije, fluoroimunoanaliza,
radioimunoanaliza i enzimska imunoanaliza. Enzimska analiza: značajke enzima kao analitičkih reagenasa, stehiometrijske
metode određivanja supstrata, određivanje supstrata, enzima, aktivatora i inhibitora enzima mjerenjem brzine reakcije. Kemijski
senzori: osnovni principi, potenciometrijski senzori, optode i biosenzori.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Nema
UVJETI ZA POTPIS:
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni i usmeni ispit.
OBAVEZNA LITERATURA: N. Galić: Imunoanalitičke metode, skripta, KO PMF, Zagreb, 2003.
N. Galić: Spektrometrija masa, skripta, KO PMF, Zagreb, 2004.
N. Galić i V. Drevenkar: Kromatografija, skripta, KO PMF, Zagreb, 2005.
D. A. Skoog, F. J. Holler, T. A. Nieman: Principles of Instrumental Analysis, Harcourt College Publishers, Philadelphia, 1998.
69312 KRISTALOKEMIJA 2+0+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Osnovni principi strukture kristala i molekula. Makroskopska svojstva kristala. Simetrija u kristalima
(elementi simetrije, Bravaisove rešetke, kristalni sustavi, točkine i prostorne grupe). Kristalna struktura metala, legura, čvrstih
otopina, intermetalnih spojeva. Ionska veza (ionski radijus, energija veze, energija rešetke, Paulingova pravila). Važniji strukturni
tipovi ionskih kristala. Molekulski kristali (veze u molekulskim kristalima, energija rešetke, male molekule i makromolekule).
Osnovne metode određivanja strukture. Odnos strukture i svojstava.
KOLEGIJI PRETHODNICI:
UVJETI ZA POTPIS: Pohađanje predavanja i seminarski rad.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni ispit i seminarski rad. Usmeni ispit nije obavezan.
OBAVEZNA LITERATURA: A.R. West: Solid State Chemistry and its Applications, Wiley, NY 1998.
MATEMATIČKE OSNOVE RAČUNALNE
60218 2+2+0 0+0+0
BIOLOGIJI
NASTAVNI SADRŽAJI: Vjerojatnost i statistika, Linearna algebra (korelacije, regresije, PCA), Diferencijalni račun
(integracija), Analiza vremenskih sljedova
KOLEGIJI PRETHODNICI: Nema
UVJETI ZA POTPIS: Predane i ispravljene domaće zadaće, te predan i pozitivno ocijenjen sastavak na zadanu temu.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Kratkim testovima (15 minuta) na početku svakog drugog nastavnog dana (30%),
seminarskim radom na zadanu temu (20%), dvodijelnim završnim ispitom, Test A: provjera teorijskoj znanja – 1 sat (20%), Test
B: provjera praktičnog znanja i vještina – 2 sata (30%)
OBAVEZNA LITERATURA: P. Woolf, C. Burge, A. Keating, M. Yaffe, Statistics and Probability Primer for Computational
Biologists (skripta). MIT, 2004
Internet izvori
60205 MEDICINSKA GENETIKA 2+1+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Mutacije/ polimorfizmi: tipovi mutacija, tipovi nasljeđivanja, Genska podložnost razvitku bolesti,
Genske i nasljedne abnormalnosti, Molekularna genetika i multiple malformacije – hidatiformna mola, Kromosomske bolesti,
Monogenske bolesti – naslijeđene i stečene (hemoglobinopatije, metaboličke bolesti, deficijencije imunološkog sustava,
mentalne retardacije, cistična fibroza, neurofibromatoze, mišićna distrofija itd.), Poligenske bolesti, Genetika raka – sporadične i
naslijeđene mutacije, Prenatalna i postnatalna dijagnostika genskih bolesti, Gensko liječenje, Farmakogenomika, Gensko
savjetovanje i etička načela medicinske genetike
KOLEGIJI PRETHODNICI: Za studente studijskog programa Molekularna biologija nema posebnih uvjeta. Studenti drugih
studijskih programa trebaju imati položenu: MIKROBIOLOGIJU, BIOKEMIJU, GENETIKU, MOLEKULARNU GENETIKU.
UVJETI ZA POTPIS: Redovito pohađanje predavanja i vježbi. Održan seminar.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni i usmeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Pedijatrija. Urednici: Mardešić D. i suradnici. Izdavač: Školska knjiga, Zagreb, 2000 (6.
dopunjeno izdanje)
Racionalna dijagnostika nasljednih i prirođenih bolesti. Urednici: Barić I. i Stavljenić-Rukavina A. Izdavač: Medicinska naklada
Zagreb, 2005.
Barišić I. Osnova genetike – nasljeđivanje. U: Ginekologija i perinatologija. Urednik: Kurjak A. i suradnici. Izdavač: Tonimir,
Varaždinske toplice, 2005. (3. izdanje).
Pavelić J. Osnove molekularne biologije i genetike. U: Ginekologija i perinatologija. Urednik: Kurjak A. i suradnici. Izdavač:
Tonimir, Varaždinske toplice, 2005. (3. izdanje).
44407 MEHANIZMI BILJNOG RAZVITKA 2+1+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Polarnost biljne stanice. Utemeljenje polarnosti biljnog organizma tijekom embriogeneze.
Unutarstanična kontrola rasta i razvoja. Auksini, giberelini, citokinini s naglaskom na mehanizme djelovanja. Apscizinska
kiselina i etilen s naglaskom na mehanizme djelovanja. Brasinosteroidi. Svjetlo i regulacija rasta (sustav kriptokroma, ABCDE
kontrola cvjetanja). Sekundarni metabolizam. Transformacija biljaka i moguće primjene u istraživanjima.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Biologija razvoja, Kultura biljnih i animalnih stanica za studente koji nisu završili preddiplomski
studij molekularne biologije.
UVJETI ZA POTPIS: Uredno izvršenje obaveza
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: Taiz L. i Zeiger E.: Plant Physiology, Associates, INC., Publishers, Sunderland, Massachusetts,
2002
CD i interna skripta s predavanjima i protokolima praktikuma
60209 MEHANIZMI STANIČNE DIFERENCIJACIJE 1+1+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Matične stanice kao jedinice odgovorne za razvoj, obnavljanje i održavanje tkiva i organskih
sustava. Hematopoetske matične stanice i presadjivanje koštane srži na eksperimentalnom mišjem modelu. Obilježavanje
stanica u razvoju, protočna citometrija, promatranje ekpresije gena na razini RNA i proteina, genetski modificirani, transgenični
miševi, tehnologija proučavanja funkcije gena. Transkripcijska kontrola gena u limfocitima. Molekularne osnove sazrijevanja
limfocita, signali koji potiču preslaganje gena. Fiziološka smrt stanica, apoptoza – pitanje života i smrti tijekom diferencijacije i
aktivacije stanica.
KOLEGIJI PRETHODNICI: Biologija stanice i Biokemija
UVJETI ZA POTPIS: Priprema seminara, sudjelovanje na vježbama i prisustvovanje predavanjima
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Pismeni i usmeni ispit
OBAVEZNA LITERATURA: B. Alberts i suradnici, Molecular Biology of the Cell, 4th edition, New York: Garland Publishing,
2002
Cooper, Geoffrey M. Sunderland (MA) The Cell - A Molecular Approach, 2nd ed. Sinauer Associates, Inc; 2000
44406 MOLEKULARNA BIOFIZIKA 3+2+1 0+0+0
NASTAVNI SADRŽAJI: Uvod, Definiranje biofizičkih sistema, Molekulske interakcije, Termodinamika i biokemija,
Termodinamika otopina, Molekulska termodinamika, Strukture proteina, Strukture proteina i interakcije, Strukture nukleinskih
kiselina, Membrane, Ravnoteže kroz otopine, Lipoproteini, Vezanje liganada na makromolekule, Optičke spektroskopije, IR
spektroskopija i Raman, IR spektroskopija (demonstracije), Fluorescencija, Fluorescencija (demonstracije), NMR
spektroskopija, NMR spektroskopija (demonstracije), EPR spektroskopija, EPR spektroskopija (demonstracije), Masena
spektroskopija, Rötgenska strukturna analiza, AFM, AFM (demonstracije) Seminari
KOLEGIJI PRETHODNICI: Fizika, matematika, fizikalna kemija
UVJETI ZA POTPIS: Prisustvovanje predavanjima i vježbama.
NAČIN POLAGANJA ISPITA: Provjera znanja putem: A) pismenog ispita koji se sastoji iz dva dijela: a) 4 računska
zadatka donose 100 bodova (prolaznost je iznad 50 bodova). b) teme kolegija na koje treba odgovoriti preko 21. pitanja, gdje se
pismeno odgovara na postavljena pitanja (prolaznost je (mane ili više) ekstenzivan odgovor na barem 80 % pitanja). B) usmeni
dio ispita gdje se ispituju ili nedostaci pismenog ispita ili daljnja provjera znanja.
OBAVEZNA LITERATURA: K.E. van Holde,W.C. Johnson,P.S. Ho: Principles of Physicsl Biochemistry, Pearson Prentice
Hall, Upper Saddle River, USA 2006
R. Winter, F. Noll: Methoden der Biophysikalische Chemie, Teuber Stuttgart, 1998
M.B. Jackson: Molecular and Cellular Biophysics,


Use: 0.0324